Skalnaté pleso se nachází v závěru Skalnaté doliny pod strmými srázy Lomnického štítu v nadmořské výšce 1 751 m. Stavební činností na moréně plesa došlo pravděpodobně k narušení podloží a velkým průsakům vody, které mají na svědomí vysýchání jezera. Již v letech 1937 a 1957 byly učiněny pokusy o stabilizování podloží, ty se však minuly účinkem.
Skalnaté pleso má přibližné rozměry 212 × 85 m, plochu 1,23 ha a maximální hloubku 4,2 m (při max. stavu vody). Skalnaté pleso je plesem morénového typu, která mají obecně poměrně malou hloubku. Vody z plesa odvádí Skalnatý potok, jenž dal plesu také pojmenování. Původní německé jméno Steinbachsee je odvozováno od skalních bloků, které měly zahrazovat vody Skalnatého potoka (polsky łomy, odsud také potok Łomnicą, Łomnicki Staw).
Tento původ názvů odvozují polští autoři, například Witold Henryk Paryski. Naopak slovenský autor Ivan Bohuš odvozuje název Skalnatého plesa od německého Steinbock, což značí kamzíka. Ještě věhlasný horský vůdce, spišský Němec, Georg Buchholtz psal o Skalnatém plese jako o Kamzíčím plese (Kozi Staw), neboť se v jeho okolí nacházelo ohromné množství kamzíků a svišťů.
Dnes je okolí Skalnatého plesa pod velkým návštěvnickým tlakem. Vede sem lanovka z Tatranské Lomnice, která pokračuje dále na Lomnický štít a nebo do Lomnického sedla. V zimě se na svazích pod Lomnickým sedlem lyžuje, vede tudy množství značených stezek. Na břehu jezera stojí velká budova lanovky, o kousek níže Skalnatá chata, fungující jako bufet, a nad jezerem pak budova astronomické observatoře.